Covid-19: ce que l’on sait (ou pas) des variants

Covid-19: ce que l’on sait (ou pas) des variants

Anglais, sud-africain, brésilien et même japonais… De nombreux variants du SARS-Cov-2 font leur apparition dans le monde entier. En France, les scientifiques alertent sur la présence de deux d’entre eux: les variants anglais et sud-africain. Quelles sont leurs particularités par rapport à la souche d’origine? Peut-on contenir leur diffusion? Les vaccins seront-ils efficaces? Les réponses des chercheuses Sylvie Van Der Werf (responsable du centre national de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur) et Vittoria Colizza (directrice de recherches à l’Institut Pierre-Louis d’épidémiologie et de santé publique (Inserm/Sorbonne-Université).

1) Qu’est-ce qu’un variant?

C’est un organisme qui se distingue de son virus d’origine -le SARS-cov2- par une mutation ou plusieurs mutations. Un processus naturel dans le monde des virus qui après avoir infecté nos cellules, se multiplient en se copiant eux-mêmes.

2) Comment un variant est-il repéré?

Grâce au séquençage du génome du virus. Les équipes des laboratoires découvrent des mutations dans la forme de la Covid-19, ce que l’on appelle un variant. Selon sa rapidité de diffusion – son taux de reproduction-, sa présence majoritaire dans les échantillons analysés par séquençage indique que le variant peut supplanter à terme la souche d’origine. C’est ce qui s’est passé en Grande-Bretagne depuis début décembre 2020 avec le variant britannique.

3) Le variant britannique, c’est quoi?

Repéré au Royaume-Uni, le variant britannique « VOC 202012/01 » s’installe en France depuis la mi-décembre. Les analyses montrent qu’il a une capacité de transmission nettement plus élevée que le virus d’origine (avec un taux de reproduction désormais compris entre 1,7 et 1,9). Selon l’étude flash menée sur le séquençage d’un échantillonnage de tests PCR les 7 et 8 janvier, 1 à 2% des tests positifs correspondaient au variant britannique, ce qui fait dire à Vittoria Colizza, directrice de recherches à l’Inserm et spécialiste en modélisation des maladies infectieuses « qu’il devrait être majoritaire en France d’ici fin février-mi mars« . Il peut devenir prévalent et se substituer à la souche d’origine. D’autres résultats sur l’avancée du variant anglais sont attendus pour la semaine du 25 janvier.

4) Que sait-on du variant sud-africain?

Un autre variant, appelé « 501Y. V2 » est apparu initialement en Afrique du Sud en octobre 2020.  La responsable du centre national de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur Sylvie Van Der Werf explique que la mutation concerne notamment la protéine S du virus en forme de pointe (d’où son nom Spike= pointe) dont l’objectif est de pénétrer les cellules humaines en s’y accrochant. La surface des particules virales de ce variant présente des délétions (des suppressions, des pertes de matériel génétique sur un chromosome) ce qui la modifie plus spécifiquement. Cette surface est habituellement ciblée par les anticorps en capacité de neutraliser le virus. Mais dans le cas présent, les chercheurs observent une incapacité des anticorps mononucléaux à traquer le virus: il y a une baisse de la neutralisation de l’attaque virale par les vigies anticorps et par conséquent une réponse immunitaire moindre.  

5) Ces « clones » sont-ils plus dangereux que la souche originelle?

S’ils se transmettent plus vite que le virus initial, cela ne veut pas dire qu’ils sont plus virulents pour les personnes infectées. Selon les chercheurs réunis en conférence le 21 janvier 2021 par l’ANRS-Maladies infectieuses émergentes*, ils ne sont pas synonymes de formes plus graves de la maladie.

Leurs mutations dans la zone de fixation des récepteurs leur donnent simplement une meilleure capacité d’infection. On sait que le variant britannique a un taux de reproduction plus élevé que la souche d’origine: le nombre d’individus qui peuvent potentiellement être contaminés par une personne infectée est plus important, d’où la nécessité de bien observer les gestes barrières.

6) Les vaccins contre la Covid-19 sont-ils efficaces contre ces variants?

Les vaccins fonctionnent sur le variant anglais mais des études officielles (non revues par les pairs) sont encore attendues sur le variant sud-africain et sa réponse face à la vaccination. La virologue Sylvie van Der Werf indique par ailleurs que « les anticorps ne font pas tout  ». Il faut tenir aussi compte lors d’une nouvelle infection après vaccination, du rappel des cellules mémoires enclenchant de nouveaux anticorps neutralisants. On sait en effet que les lymphocytes B à mémoires savent mémoriser les propriétés d’un antigène les ayant activés, créant une réponse immunitaire plus spécifique dans le cas d’une seconde infection par ce même antigène. Enfin, les laboratoires ayant développé les premiers vaccins à ARN messager assurent être capables de développer dans un temps très court des vaccins adaptés aux nouveaux variants.

7) De nouvelles restrictions sanitaires en vue?

Plus que jamais, les mesures barrières sont essentielles tout comme le dépistage, l’isolement et la vaccination.

On sait aussi que les mesures rapides et strictes sont efficaces, ont un impact important sur le déroulement de l’épidémie. En Grande-Bretagne et en Irlande, les mesures drastiques (confinement + écoles fermées) ont permis de réduire l’incidence des infections. Côté français, il est encore trop tôt pour dire si le couvre-feu avancé généralisé depuis le 16 janvier porte ses fruits mais d’ores et déjà, des médecins appellent à un reconfinement rapide.

*L’ANRS-Maladies infectieuses émergentes vient d’être créée début janvier 2021. Elle fédère, coordonne, anime et finance toute la recherche sur les maladies infectieuses (VIH/sida, hépatites virales, IST et tuberculose) et les émergences (infections respiratoires émergentes dont la Covid-19, fièvres hémorragiques virales, arboviroses…).

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